區位不宜
首先南投縣府必須回答一個邏輯性的問題：
- 如果焚化爐不會造成周遭環境問題，那為何不選擇蓋在現已被劃設為城鄉發展地區第二類之三的未來開發儲備用地？
- 如果焚化爐會造成周遭環境問題，那怎麼可以把焚化爐選址在這塊擁有肥沃黑土、生產高品質農作、位在天然地下水庫上、鄰近重要茶區的優質農地？這豈不是等於把廁所設在我們的廚房裡，馬桶蓋在我們的飲水機上？
根據南投國土功能分區圖，明明被劃設為城鄉發展地區第二類之三的土地面積總共高達678公頃，要從中選出7.5公頃作為未來的垃圾處理設施用地，豈是難事？然南投縣府當初選址時，卻主要從擁有肥沃土壤、種植優良農作、且具復育生態、涵養水源功能的名竹盆地上找地，所選四個場址中有三個場址分屬名竹盆地上的特定農業區（農業發展地區第一類）、河川公地與未開發土地（均為國土保育地區第一類），只有一個是面積不符需求（只有0.7公頃）的土污場址！32且據了解，南投縣府至少從2022年起就打算於南崗工業區南側規劃一工業區，基地規模68.54公頃，其中有10公頃左右為公有地33，為何不一併規劃垃圾處理設施用地？這些區位至少都比位於環境敏感地帶且有優良農作的本案場址適當。
南投縣府為所謂「再生能源發電廠」所選場址。資料來源：見附註32。
根據國土計畫法第六條的「國土計畫規劃之基本原則」，農業發展地區「應以確保糧食安全為原則，積極保護重要農業生產環境及基礎設施，並應避免零星發展。」城鄉發展地區「應以集約發展、成長管理為原則，創造寧適和諧之生活環境及有效率之生產環境，確保完整之配套公共設施。」也就是說，該法不希望與農業不相容的污染性設施，零星出現在農業生產環境內；而是希望這些污染性工廠、廢棄物處理設施集中在城鄉發展地區，並受到良好管控；其中城鄉發展地區第二類之三的定位，就是做為未來開發之儲備用地。
顯然南投縣府沒有依照國土計畫法的精神，從城鄉發展地區第二類之三或未來的工業區去找適當場址，如此將破壞名竹盆地這一難得區塊完整的農業生產環境之完整性，違反農業發展條例第十條「農業用地於劃定或變更為非農業使用時，應以不影響農業生產環境之完整」的規定；同時也不符合行政程序法第七條的比例原則，未選擇對人民權益損害最少之區位，反從環境敏感區位下手。
而且場址所在的名竹盆地，是天然地下水庫，是在地農業及民生重要水源，又位於濁水溪沖積扇地下水補注區的上游，雖沒有被劃為水庫集水區、自來水水質水量保護區、飲用水水源水質保護區、地下水補注地質敏感區，卻是實實在在的水源重地。
為保護水源或其水質，相關法律皆禁止在水源區內從事與廢棄物處理有關或會產生污染之行為，雖然禁限範疇不一。比如水利法第五十四條之一，水庫集水區禁止危害水庫安全之行為，包括「棄置廢土或廢棄物」。又如自來水法第十一條，自來水水質水量保護區禁止或限制貽害水質與水量之行為，其中與廢棄物有關之行為包括「污染性工廠」及「設置垃圾掩埋場或焚化爐」、「傾倒、施放或棄置垃圾、灰渣、土石、污泥、糞尿、廢油、廢化學品、動物屍骸或其他足以污染水源水質物品」。
飲用水管理條例第五條對於「飲用水水源水質保護區」或「飲用水取水口一定距離內之地區」也有類似自來水法的規定，禁止「工業區之開發或污染性工廠之設立」、「傾倒、施放或棄置垃圾、灰渣、土石、污泥、糞尿、廢油、廢化學品、動物屍骸或其他足以污染水源水質之物品」，以保護水源水質；雖未言明禁止設置焚化爐，但焚化爐不就是一種污染性工廠？！
依據地質法劃設的地下水補注地質敏感區及其他各種地質敏感區，雖未明定禁限制事項，但也不是沒有管制手段：其乃透過地質調查及地質安全評估結果之審查，限制土地開發行為；而審查時考量重點，可從「地質敏感區劃定變更及廢止辦法」之立法說明窺之一二。其中第四條之立法說明指出，地下水補注地質敏感區「因位處於河道之沖積扇頂區，且未受大面積厚層泥所阻隔，容易因自然作用或人為活動而遭致破壞，應加強調查與保育工作，禁止或限制貽害水質與水量之行為，以避免不當之土地開發行為，造成地下水補注水量減少，或水質惡化。」
綜上，焚化爐、掩埋場、污染性工廠、廢棄物之棄置等行為，都屬貽害水源水質之行為，不該發生在被官方劃定的水源保護區，難道就可容許存在於具有地下水庫之實的名竹盆地上？
尤其焚化廠對於這個實質水源區及特定農業區的污染，不只發生於正常操作時，它於起停爐階段的空污排放會更嚴重。這是因為起停爐階段的爐溫還不夠高，此時未達一定溫度以上的廢氣必須旁通濾袋避免濾袋阻塞；然而廢氣的流動，會把一些黏附於煙道壁上、含有戴奧辛與重金屬等毒性物質的微粒沖刷脫附出來，一起旁通濾袋、直接從煙囪排放！光是起爐一次（約半天）的戴奧辛排放量，就相當於正常操作兩個月甚至七個月的污染排放，也就是起爐階段每一小時的戴奧辛排放量，可達到正常操作時的120倍甚至400倍；而焚化廠除了每年例行歲修會停爐一次之外，也會因為管線設備的意外損壞而停爐維修，只要多停一次，就多幾個月的污染排放。
且焚化廠的污染，不只來自於煙囪排放，它也可能因為混收的廢棄物中含有易燃易爆物而起火甚至爆炸，產生更嚴重的空污，而這些意外事故，實難以預防！
這些非計畫性的停爐次數，以及發生火災爆炸的機率，不只取決於操作業者對於爐體保養維護與廢棄物進廠管制的嚴謹程度，也取決於清潔隊破袋稽查的落實程度、民眾及事業單位對於垃圾分類回收的配合程度、以及清除業者的守法程度。因此即使操作業者嚴謹按表操課，面對每天大量進廠的垃圾，也難以杜絕不適燃、有害甚至易燃易爆的廢棄物偷渡進廠。而環評，可以保證清除業者不會知法犯法偷渡不該進廠的廢棄物嗎？可以保證民眾或事業單位都不會亂丟對爐體有害的廢棄物到垃圾車嗎？
同時焚化廠的設置，也會引來不肖清除業者來到名竹盆地，摸清附近環境後，趁著月夜風高棄置廢棄物，動機可能是為了節省焚化處理費，也可能是為省事而不願為了被焚化廠退運的廢棄物重新找適當去處，結果將讓「傾倒、施放或棄置垃圾、灰渣、土石、污泥、糞尿、廢油、廢化學品、動物屍骸或其他足以污染水源水質之物品」的行為，更有機會發生於鄰近農地或河川地上，而對這塊優勝美地的土壤、地下水或河川水質及生態，帶來嚴重威脅，甚至難以回覆的傷害。
而因為焚化廠的興建及營運而來來往往的車流，更會造成在名竹盆地出沒的保育類野生動物如石虎、柴棺龜與食蛇龜被「路殺」，同時焚化廠的興建，也會造成這些濱危物種之棲地進一步的縮減與惡化。同時，焚化爐排放之世紀之毒戴奧辛、重金屬、PFAS等會干擾荷爾蒙、影響多重生理系統並能致癌的毒性物質，將透過食物鏈的累積與濃縮，影響野生動物之族群健康，進而影響其族群數，不利於野生動物保育。這些影響，皆與濁水溪保育軸帶的保育目標格格不入。
此外，南投縣府要在焚化爐旁設置底渣分選設施以處理所產生底渣，而其破碎、篩分等處理過程，容易造成有毒底渣飛揚逸散，或使底渣隨運輸車輛或廠區清洗廢水而流佈環境中，污染土壤與地下水，威脅生態健康。
再者，考量焚化廠預定場址位於集集攔河偃下游、濁水溪洪泛範圍，且鄰近車籠埔斷層與彰化斷層，天災地變的風險不容忽視。未來極端降雨日趨激烈下，難保不會引發車籠埔斷層或彰化斷層的劇烈活動，毀損建物或管線設備，或發生類似馬太鞍溪的堰塞湖溢流事件，造成土石泥沙含量高的洶湧河水沖毀或掏空堤防，沖入建物，淹沒底渣、飛灰或垃圾的貯坑以及管線設備。這些天然災害可能造成廠內垃圾、灰渣外溢，空污防制設備用藥或轉動機具之潤滑油隨洪水外流，廢水處理場的廢污水透過地震所產生裂縫下滲天然地下水庫，導致這塊水源與農業重地受到難以復原的傷害！在如此環境敏感的土地上設置焚化廠，顯然不當。
國土計畫法第二十三條有云：「國土保育地區以外之其他國土功能分區，如有符合國土保育地區之劃設原則（具豐富資源、重要生態、珍貴景觀或易致災條件）者，除應依據各該國土功能分區之使用原則進行管制外，並應按其資源、生態、景觀或災害特性及程度，予以禁止或限制使用。」也就是說，名竹盆地這個天然地下水庫，具豐富地下水資源，擁有柴棺龜、石虎等重要生態，且位於車隴埔斷層與彰化斷層間，又是活力充沛的濁水溪洪泛影響範圍，雖然目前部份土地只被劃為特定農業區（或農業發展地區第一類），依法仍應比照那些水源保護區、野生動物保護區、地質敏感區等國土保育地區進行土地使用管制，以保育及保安為原則，不應沒有官方名分就於此強設焚化爐等污染設施。