2003年漁業署責成學術單位組成專案調查小 組，試圖找出問題原因並研擬解決對策。嫌犯由溶藻弧菌、皰疹樣病毒、20面體球型病毒；演變到氣候變遷，亦即大環境――全球暖化改變洋流引起藻相丕變，導 致九孔營養不良抗病力減弱。連主管台灣水產的相關專家都宣稱台灣是九孔疫區，無藥可救，建議九孔業者轉型養海膽、海參。總之政府主管機關至今仍無法提出一 個完整且有效的解決方案。
1993年6月，燁隆集團與東帝士集團分別提出「鋼鐵城」與「七輕石化煉油廠」計畫， 1994年12月5日合流遞送《濱南工業區開發計畫可行性規劃報告》及《濱南工業區開發計畫環境說明書》，正式啟動「濱南工業區開發計畫」，準備在七股潟湖與沿海地區填海造陸，開發七輕石化煉油廠、大煉鋼廠與工業港。1999年12月17日下午2時30分召開的環境影響評估審查委員會第66次會議中，以臨時提案方式有條件通過環境影響評估審查。
2000年5月，政黨輪替後，「濱南工業區開發計畫」並沒有停下來，而持續進行後續的環評報告書定稿與工業區土地變更程序。6年後，2006年1月19日，環保署依《環境影響評估法》第十三條第三項規定公告《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書》審查結論及《環境影響評估報告書》摘要，結束「濱南工業區開發計畫」的環評程序，依法轉入內政部區域計畫委員會。2006年11月9日內政部區域計畫委員會，決議退回濱南案。由於業者不服上訴裁定展開行政訴訟，後經行政訴訟庭判決內政部敗訴，於是濱南工業區開發案又死灰復燃。
環保團體堅決反對濱南工業區開發的理由
由於有許多天然水域（海洋及淡水）已遭到棲地破壞、汙染或過度捕撈，造成漁獲量大幅下降，以水產養殖的方式，將水產生物（魚、蝦、貝）的幼苗或是種魚放流至特定區域的漁業資源管理模式（資源放流；栽培漁業），咸認是回復資源和增產的關鍵手段，是一項有效的漁業管理模式。
自1980 年起，台灣也開始推動種苗和種魚人工放流後，政府每年均編列巨額經費進行此項工作，但完全未考慮遺傳因子。台灣各地方漁政公營單位或民間放流團體多不生產種苗和種魚，台灣在進行水產生物人工放流時，往往是由數個私人養殖場競標，由得標者提供漁政公營單位放流所需的物種與數量。在種魚來源及遺傳資訊不明，魚苗難以分辨（魚苗辨識不易、放流魚苗是否是當地缺少的物種或是隱蔽物種），品質不清的情況下，以及缺乏族群遺傳及生物多樣性的概念下，往往發生將台灣本島南部的水產生物放流至台灣本島北部或離島，淡水物種放流至海水的乖離現象和烏龍事件。因此人工放流對天然生態的影響（甚至造成反效果）實在堪慮。
台灣除少數先住民捕魚外多以陸上狩獵為主，百年前大陸移民開始渡海來台，從事季節性的短暫性捕魚（以烏魚為大宗），並逐漸定居發展出魚塭養殖（以養殖虱目魚為主）。當時之漁業屬沿岸和粗放混養式養殖漁業，既傳統又落後。由於漁具原始、笨重，漁法簡單、粗糙，兼以人力為主，漁獲效率差。加上缺乏冷藏科技等因素，漁獲無法儲存，漁獲量終究有限。
日本人治台移植日本漁業經驗，首度引入動力漁船，改良漁具漁法、興建漁港，調查開發漁場，台灣漁業始具現代化漁業雛型，開始向遠洋漁業進軍。同時日本人也進行水產養殖試驗及水產品加工的研究。二戰後國府大力補貼，政策性獎勵扶植漁業，今天台灣儼然己是年產130萬噸漁獲量的漁業大國。設備新穎現代化的遠洋作業漁船遍及三大洋，水產養殖場則由平地蔓延至山中拓展至海上，遍布全島。
隨著全球人口持續快速攀升和陸地農耕面積有限，以藍色革命圈養水產生物，由海洋提供蛋白質已是大勢所趨。但是隨著水產養殖規模之擴大、漁場經年養殖而老化，養殖病害問題層出不窮，已嚴重阻礙水產養殖業的發展。因為養殖高經濟價值的肉食性種類（對蝦、石斑、鮭魚等），甚至會消耗大量食物鏈下層低經濟價值之下雜魚類，加劇混獲，水產養殖產業的發展不僅沒有減輕人類對天然水生生物的捕撈壓力，保護野生漁業資源；反而加速掠奪野生漁業資源，瓦解生態系。為了水產養殖產業的永續發展，以遺傳育種培育生長快、抗病與抗逆性強、飼料轉化率高、品質好（色彩、體型、肉質、口感、味道）的優良食用品種，實為未來走勢。
除了生長率性狀容易從表型上鑒定與選擇，很多性狀（如肉質、口感、味道）難以直接從個體外觀鑑別，甚至無法在種魚測試。因此，有必要進行間接選擇，獲得與控制這些性狀基因相關或連鎖的標記，藉以提高育種效率。對於水產生物而言，掌握重要經濟性狀的基因標記還有特殊用途，例如經年累月辛苦選育出的優良品種，由於意外（颱風、洪水、赤潮、乾旱、瘟疫、火災、突發性災害、或者人為失誤等）而流失時；或是種魚中是否具抗病與抗逆性，借助分子標記，從一滴血或口腔黏液等不入侵或傷害魚體的方法，很容易從原族群中篩選培育出帶有此性狀的良種，排除誤選劣種個體當種魚生產種苗的機率，會明顯提升生產效率。
泉涸，魚相與處於陸，相呴以濕，相濡以沫，不如相忘於江湖《莊子‧大宗師》
俗稱豆腐鯊的「鯨鯊」，在六月二十七日完全禁止販售，台灣終於依照國際華盛頓公約組織（CITES）紅皮書附錄二瀕危保育物種的規範，正式全面禁止捕殺、交易；台灣因為是少數仍在捕食鯨鯊的國家，因而被國際保育界以「惡島」稱之。然而在早期，鯨鯊並不是台灣飲食文化的一部份，以前沒人吃這種魚，漁民如果鏢到豆腐鯊都拿去填海，而且因為鯨鯊是海裡體型最龐大的魚類，漁民往往基於安全起見而避免鏢獲鯨鯊。
過去鯨鯊尚未成為消費對象之時，鯨鯊的價格非常低廉，一九八五年以前一尾數千公斤重的鯨鯊僅能賣得台幣5,500 ~ 8,200元，目前鯨鯊的價格是所有鯊魚中最昂貴的。一尾兩千公斤重的鯨鯊拍賣價格可達360,000元，而一尾一萬公斤較大的個體，則可賣到1,900,000元，平均一斤差不多300-400元，漁民開始特意鎖定鏢鯨鯊。因為市場經濟的鼓動，鯨鯊數量與體重明顯下降，一九八０年代中期，恆春地區的鏢漁業者，每年的春天在澎湖南方海域可鏢獲50 ~ 60尾的鯨鯊，而在過去的十年間漁獲量已明顯逐年下降至每年鏢獲10尾左右，在一九九四年及一九九五年每年的鏢獲尾數更不及10尾。
