台灣除少數先住民捕魚外多以陸上狩獵為主，百年前大陸移民開始渡海來台，從事季節性的短暫性捕魚（以烏魚為大宗），並逐漸定居發展出魚塭養殖（以養殖虱目魚為主）。當時之漁業屬沿岸和粗放混養式養殖漁業，既傳統又落後。由於漁具原始、笨重，漁法簡單、粗糙，兼以人力為主，漁獲效率差。加上缺乏冷藏科技等因素，漁獲無法儲存，漁獲量終究有限。
日本人治台移植日本漁業經驗，首度引入動力漁船，改良漁具漁法、興建漁港，調查開發漁場，台灣漁業始具現代化漁業雛型，開始向遠洋漁業進軍。同時日本人也進行水產養殖試驗及水產品加工的研究。二戰後國府大力補貼，政策性獎勵扶植漁業，今天台灣儼然己是年產130萬噸漁獲量的漁業大國。設備新穎現代化的遠洋作業漁船遍及三大洋，水產養殖場則由平地蔓延至山中拓展至海上，遍布全島。
我國漁業的結構以遠洋漁業為首，漁獲量佔57％；養殖漁業次之（20％），近海漁業居三（19％），沿岸漁業殿後。近年來沿岸及近海漁業由於海岸污染嚴重，被毀滅式的漁具漁法（毒、電、炸魚、滾輪式拖網、三層網、流刺網等）蹂躪過漁，漁源早已枯竭，漁獲量實微不足道。遠洋漁業以流刺網圍網為主，主要漁獲對象曾是鮪魚、魷魚與鮭魚。但今天已面臨世界各國紛紛延伸 200海浬領海、禁止或限制使用流刺網、油料上揚成本昇高、本國船員裹足不前勞力短缺、雇用外勞、中國打壓、國際制裁漁獲限量配額的窘境。漁船被扣、被搶、被劫持、被臨檢而囚居異國，海上喋血、甚至魂斷異鄉等事件常是報上頭條新聞。
養殖漁業則多以單養超集約方式，養殖高經濟價值位於食物鏈上方的肉食性水族（鰻、石斑、鯛、海鱺、紅魽、大蝦）為導向。進口大宗魚粉及種苗（鰻線），養成加工，再全數出口成鰻至日本。台灣漁政單位首長甚至以日本人每吃兩尾的鰻魚就有一尾來自台灣而沾沾自喜；總統帶頭鼓勵大眾大啖鮪魚，每口要價上千引以為傲。
為了水產養殖，超抽地下水造成地層下陷、海水倒灌、國土鹽化、侵蝕而喪失國土。為了提高放養密度，飼料摻雜抗生素投餵、濫用藥物、終至水質優養化造成污染、產生抗藥性及藥物殘留，疫病及紅潮肆孽，甚至引起消費者的疑慮。多數養殖池荒廢、養殖場老化，甚至產業外移。漁政單位無法解決疫病之橫行挽救產業，居然引進外來種（中國對蝦、美洲白蝦） 藉以逃避問題。
此外為了迎合國人嚐奇、嚐鮮的口腹之慾及養魚族以奇為貴的好奇心，養殖戶不斷開發新魚種（石斑、隆頭蘇美、鸚哥、和各式各樣的珊瑚魚種），甚至不擇手段引進外來種（龍膽、紅鼓、筍殼、白蝦）。一味以經濟掛帥而忽略永續經營原則的水產養殖，社會及環境所付出的代價，例如耗水量、日後環境之整治、魚苗之放流、資源保育的支出，難道是區區數億美元外匯所能彌補的？其他如僥倖無意中逃逸出養殖池及被任意棄養放生的外來種，或是取代在來種稱霸而優占台灣；或者稀釋、污染在來種的基因庫，甚至帶來疫病。最後我們只有束手等待大自然的反撲和突然無預警生態災難的引爆。
台灣水產養殖應朝持續發展的世界潮流發展，飼養草食或雜食性食物鏈下層水產生物（虱目魚、烏魚、象魚、鯉、鰱、草魚、九孔、文蛤、蜆、牡蠣等）、使用再循環水閉鎖系統養殖，避免大量耗水和污染環境、研發取代以野生魚類為主要成份（魚粉）之飼料、同一地點輪流養殖（一如農業之輪耕）不同的水產生物、養殖本地在來種（註）、投資育種育出成長快、抗逆境、淨肉率高、抗疫病、適合圈圍養殖的品種。推廣有機水產養殖，購買有生態標籤（eco-label）的水產養殖產品，畢竟所有水產生物的營養價值都很高，沒有一種水產生物的營養價值是特別珍貴。
註：在來種，即本地種或本土種的意思。
- 作者：郭金泉（台灣國立海洋大學水產養殖系）。
- 發表日期：2007年12月24日。